Przepisy niejasno określają charakter cen i marż leków refundowanych w stosunku do leków nabywanych przez szpitale. Co prawda zgodnie z komunikatem Ministerstwo Zdrowia należy uznać, iż są to ceny i marże maksymalne, jednak kary grożące za jakiekolwiek zmiany cen urzędowych skutecznie ograniczają zaufanie do komunikatów.

Nowa Ustawa wprowadza system limitów, znany dotychczas jedynie aptekom otwartym, również w odniesieniu do leków nabywanych przez szpitale; to powoduje, że szpital nie może kupić za cenę wyższą niż cena leku wyznaczającego limit.

Trzeci niepokojacy czynnik stanowi  nieprecyzyjne uregulowanie kwestii możliwości udzielenia rabatów i upustów szpitalom. Art. 49.3 o zakazie zachęt, pomimo że w ogóle nie dotyczy "świadczeniodawców" zaczął funkcjonować, jakby miał do nich zastosowanie. W przypadku założenia, potwierdzonego już przez Ministerstwo Zdrowia, że ceny i marże mają charakter cen i marż maksymalnych, udzielanie upustów i rabatów powinno być naturalne i oczywiste, jednak według interpretacji MZ niestety nie jest. Szpitalne ceny są więc maksymalne, ale nie wiadomo, w jaki sposób legalnie je obniżyć.

Kolejnym niekorzystnym aspektem jest zamieszanie interpretacyjne dla tak kluczowej, w przypadku szpitali, kwestii, jaką są darowizny. Ten sam art. 49.3 nie odnoszący się do świadczeniodawców, a który zakazuje darowizn, jest wadliwie interpretowany jako zakaz darowizn dla szpitali, pomimo że dla wielu polskich szpitali taka forma nabywania leków lub sprzętu medycznego jest wręcz kluczowa.

Co do grupowania leków szpitalnych, skutek jest taki, że nawet przy założeniu, że ceny leków nabywanych przez szpitale mają charakter cen i marż maksymalnych, czyli mogą być nabywane przez szpitale po cenie niższej, to jednak szpital może dokonać zakupu jedynie do wysokości ceny produktu wyznaczającego limit w danej grupie. Można oczywiście założyć, że każdy wytwórca będzie chciał obniżyć cenę do poziomu limitu, aby znaleźć się w zasięgu możliwości szpitala. Problem jednak polega na tym, że w przypadku grup limitowych, w których podstawą limitu będzie bardzo tani produkt (np.: 700 procent różnicy w cenie), jest bardzo mało prawdopodobne, aby wytwórca produktu droższego zdecydował się na tak dużą obniżkę. Wówczas nie pozostaje nic innego, jak zakup produktu stanowiącego limit lub tańszego. Może to w wielu przypadkach oznaczać pozbawienie możliwości leczenia innymi produktami, często nie posiadającymi swoich odpowiedników, w przypadku których zamiana wymaga dodatkowych badań ("ustawienie" pacjenta na odpowiedniej dawce) lub może okazać się wręcz niekorzystna dla pacjenta.

Poprzez "sztywne-maksymalne" ceny, możliwości nabywania leków przez szpitale na drodze przetargów, po jak najniższej cenie, zostały również poważnie ograniczone. Niektóre hurtownie twierdzą nawet, że nie mogą sprzedać leków taniej, niż wynika to z ceny urzędowej uznając, iż również w przypadku szpitali obowiązują ceny sztywne. W takiej sytuacji szpital jest wręcz zmuszony do zakupu „limitodawcy". Inne hurtownie obniżają ceny, ale tylko do limitu, co często okazuje się bardzo niekorzystne dla szpitala, który do tej pory wiele pozycji kupował po cenach niższych, niż wyznaczony aktualnie limit.

Zakaz stosowania darowizn, upustów i rabatów wadliwie zastosowany w odniesieniu do szpitali będzie oznaczać blokadę jakiejkolwiek pomocy. Niektóre oddziały szpitalne w ogóle będą pozbawione leków, jeśli pozbawi się je możliwości korzystania z leków przekazywanych w formie darowizn.

Jak widać z powyższego opisu, przepisy ustawy refundacyjnej mogą mieć bardzo niekorzystny wpływ na kondycję finansową szpitali. W chwili obecnej szpitale wykorzystują jeszcze zapasy leków z 2011 roku, ale już zaczynają zdawać sobie sprawę z istoty problemu. Rzeczywista skala będzie widoczna po wyczerpaniu się zapasów, czyli za ok. miesiąc - w marcu 2012 roku.

Na tę, już i tak nieciekawą, sytuację za chwilę nałoży się chaos przekształcenia wszystkich programów terapeutycznych zdefiniowanych „per choroba” na programy lekowe zdefiniowane „per lek”. To kolejna gigantyczna operacja prawna i związana z kontraktowaniem, która musi się wydarzyć przed 1 lipca 2012 roku., a nie wiemy jeszcze dosłownie nic, w jaki sposób Ministerstwo Zdrowia zamierza ją przeprowadzić.