Jednocześnie najważniejszymi celami oddziału małopolskiego są rozwój lecznictwa ambulatoryjnego – przesunięcie punktu ciężkości na specjalistyczne lecznictwo prowadzone w trybie otwartym – ambulatoryjnym, wdrożenie regulacji określonych przez nową ustawę refundacyjną w zakresie gospodarki lekiem , realizacja strategii i celów Narodowego Programu Zdrowia Psychicznego poprzez rozwój finansowania psychiatrycznej opieki środowiskowej, dziennej, dla dzieci i młodzieży, leczenia uzależnień, poprawa dostępności do świadczeń w istotnych z punktu widzenia cywilizacyjnego i społecznego obszarach:, opieka nad matką i dzieckiem (we wszystkich rodzajach świadczeń), zabezpieczenie wyższego poziomu dostępności do świadczeń wysokospecjalistycznych - najciężej chorych, zwalczanie schorzeń o charakterze cywilizacyjnym – poprawa zabezpieczenia w zakresie: onkologii, kardiologii, leczenia udarów i rehabilitacji poudarowej; leczenia skutków zdarzeń nagłych i urazów, rozwój opieki i terapii związanej ze starzeniem się społeczeństwa – geriatria, opieka długoterminowa , zaopatrzenia ortopedyczne,

Dyrektor Barbara Bulanowska zwróciła także uwagę na zagrożenia i ryzyka, które bez wątpienia mają wpływ na funkcjonowanie świadczeń opieki zdrowotnej, jak i na zasady jej finansowania. Jako najważniejsze wskazała: znaczne różnice pomiędzy możliwościami zakupowymi MOW NFZ a możliwościami rynku, ciągły rozwój infrastruktury i co za tym idzie silny potencjał wykonawczy, jaki zapewniają przede wszystkim największe szpitale kliniczne, JBR-y, bardzo silny sektor niepubliczny, duża liczba wykształconego personelu medycznego, nowe inwestycje – oczekiwanie finansowania kończonych procesów inwestycyjnych, nowe technologie, które są coraz droższe (nowe molekuły w TPL, substancje w chemioterapii, nowe urządzenia diagnostyczne (PET), nowe urządzenia terapeutyczne (gamma knife, hiperbaria), konieczność poszerzanie koszyka świadczeń (nowe programy lekowe).