Ministerstwo Zdrowia uważa, że najlepszym sposobem identyfikacji pacjenta w systemie informacji medycznej SIM jest jego numer PESEL. Podobnie ta forma identyfikacji dotyczyć ma pracowników medycznych. Podstawą identyfikacji placówki medycznej stanie się NIP.
MZ przygotowało pakiet rozporządzeń wykonawczych do Ustawy o systemie informacji w ochronie zdrowia, która zakłada gromadzenie i udostępnianie na określonych zasadach informacji o pacjencie i schorzeniach, na jakie cierpi oraz o sposobie leczenia ( w razie wyboru przez niego innej placówki medycznej niż dotychczasowa). Ustawa daje także możliwość elektronicznego dostępu do danych medycznych oraz umożliwia dzielenie się informacją odpersonalizowaną na przykład na potrzeby samorządów odpowiadających za realizację polityki zdrowotnej na swoim obszarze. Dotąd jednak nie określono zakresu informacji medycznej, jaka może zostać przekazana podmiotom trzecim: czy jst to zakres pełen ze wszystkimi wskazaniami medycznymi, stosowanymi metodami leczenia, czy swego rodzaju skrót przyjętej linii postepowania medycznego. Zwracał na to uwagę już w 2010 roku Narodowy Fundusz Zdrowia. W kontekście identyfikacji poprzez PESEL otwarte pozostaje pytanie, czy numer ten pozostanie widoczny w informacji odpersonalizowanej.
Ustawa o systemie informacji w ochronie zdrowia zakłada możliwość porównywania danych medycznych, wyników leczenia oraz rozwój usług telemedycznych. Pacjentowi gwarantuje prawo dostępu do danych z każdej lokalizacji, lekarzowi – możliwość dzielenia się informacją w celu dalszych konsultacji, samorządowi – dostęp do danych wskazujących na zapotrzebowanie na dany rodzaj świadczeń na danym terenie.
Tworzona przez Centrum Systemów Informacyjnych Ochrony Zdrowia Elektroniczna Platforma Gromadzenia, Analizy i Udostępniania Zasobów Cyfrowych o Zdarzeniach Medycznych ma także spowodować oszczędności w kosztach leczenia oraz wyższy stopień cyfryzacji placówek medycznych. W dalszym ciągu nie ma przyjętego jednak jednolitego protokołu informatycznego, na bazie którego dostosowywane zostaną szpitalne systemy informatyczne na potrzeby przepisów Ustawy obowiązującej w części od 1 stycznia 2012 roku. Obowiązek prowadzenia dokumentacji medycznej w formie elektronicznej wchodzi od 1 sierpnia 2014 roku i obejmuje placówki medyczne, dla których organem prowadzącym jest państwo lub jednostki publiczne finansowane z podatków, takie jak samorząd, ale również podmioty prywatne finansowane ze środków własnych ich właścicieli.