Na Centrum Medycyny Inwazyjnej składają się kliniki chirurgii ogólnej, urazowej, szczękowo-twarzowej, onkologicznej, plastycznej, okulistyka, neurochirurgia, gastroenterologia, torakochirurgia, laryngologia, urologia, oddział transplantacji szpiku, intensywnej terapii oraz kliniczny oddział ratunkowy. Zupełnie nowym oddziałem jest chirurgia jednego dnia. Najważniejszą część nowego szpitala stanowi blok operacyjny z 15 salami.

Decyzję wojewody pomorskiego poprzedził szereg spotkań i konsultacji z przedstawicielami środowisk medycznych województwa pomorskiego. Po przeanalizowaniu wielu opinii i zapoznaniu się ze szczegółowym harmonogramem przeprowadzki wojewoda pomorski zgodził się na czasowe zaprzestanie działalności przenoszonych klinik.

Obiekt nowego CMI zbudowano w oparciu o najlepszy projekt architektoniczny i najnowocześniejsze wzornictwo. Budowa trwała 4 lata i była finansowana ze środków centralnych. Sale pacjentów zlokalizowane w sześciokondygnacyjnym budynku są jedno- lub dwuosobowe. Centrum Medycyny Inwazyjnej zastosowało przy budowie bloku operacyjnego nową technologię szklanych ścian. Szklane panele są łatwe w utrzymaniu w czystości i zmniejszają ryzyko infekcji pooperacyjnych. CMI znajduje się w strukturze Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego, którego organem prowadzącym jest Gdański Uniwersytet Medyczny.